突袭世界的年夜劫难“第二次打击”后，世界正在废墟之上重修。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本认为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与部队交火。求助紧急之下，间谍构造NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但迎接真嗣的，倒是是父亲刻毒地饬令：驾驶称为“EVA”的庞大人型机械人与使徒战役。　　本已透露表现回绝的真嗣，看到轻伤的替补驾驶员绫波丽后，决议遵从父亲的饬令。就如许，从未受过作战训练的真嗣，筹备驾驶EVA初号机迎战使徒。　　世界的命运交付正在了一名年仅14岁的少年身上，而“第二次打击”所躲藏的“人类补完方案”彷佛也入手下手了步履。掌握所有谜底的碇元渡，却只是没有动生色地察看，好像所有早已写入脚本。