柯南以及小五郎等拉着年夜队，离开位于承平洋中的瑰丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有撒播，或许无关沉没于海底的现代遗址“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留上去的宝藏传说。小兰以及园子没有惧撒播，正在“海底宫殿”邻近潜水时，不测遇到一年夜群在寻觅废物的猎人，不意此中一人俄然遭沙鱼攻打，可怜身亡！小兰以及园子荣幸避祸，柯南见那位猎人逝世状诡异，与灰原一块儿开展查询拜访。　　柯南以为猎人之逝世，跟宝藏传说有着莫年夜瓜葛，他试图解开暗地里缘故原由，“海底宫殿”的谜题不断系绕正在他的脑海中。他找到了一组奥秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满认为有所转机，猎人却俄然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰以及园子落正在猎人的魔掌之中，人命千钧一发！躲藏于传说中的讯息是甚么？“海底宫殿”有甚么诡秘？穿梭300年韶光的记号，柯南誓要慢慢解开迷题