阴沉时节，江户川柯南（平地南 配音）以及毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎以及佳奈 配音）和少年侦探团的火伴们一同离开京都，他们行将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的觉得，时代还结识了瑰丽又有着几分奥秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知欢愉的空气很快被发急所替换，战舰上俄然发现一条断失的手臂，消散的自卫队员又惹起军方的发急与猜想。原来某国奥秘特务X已暗暗登上宙斯盾，乘机窃取战舰上的绝密谍报。　　为了找出躲藏的敌手，柯南以及灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）和远山以及叶（宫村优子 配音）共同努力，与特务开展连番斗智斗勇的比赛……